ללוטוס נוטס מבנה נתונים יחודי : NSF (Notes Storage Facility), זהו בסיס נתונים מבוסס מסמכים ולא טבלאות, מה שעלול לבלבל אנשים שרגילים לבסיסי נתונים מבוססי SQL כגון MySQL, DB2, MS-SQL וכו'. למרות הפופלוריות הרבה של מבני נתונים טבלאיים כיום יותר ויותר חברות, בראשות גוגל, משתמשות בבסיסי נתונים אחרים, מבוססי אובייקטים ולא טבלאות. הדרך הנוחה ביותר להבין את המבנה של הדטה-בייס של נוטס היא לחשוב עליו כעל אוסף מסמכי XML שלכל אחד מהם מאפיינים ושדות משלו (ראוי לציין שהנוטס הומצא הרבה לפני הXML ). בלוטוס נוטס כל אפליקציה, כולל המייל שלך, היא בסך הכל מסד נתונים בודד הכולל את האינפורמציה (data) ,את הקוד (Logic) את ממשק המשתמש (User Interface) את בקרת הגישה (Access Control) ואת החיפוש (Full Text Search). מאחר ומבנה הנתונים כולל בתוכו את כל מה שצריך על מנת ליצור, לאכסן להציג לחפש ולהגן על המידע ניתן להשתמש בו הן על השרת והן באופן מקומי באותה הצורה בדיוק ללא שום צורך בכתיבת קוד.
בין יתרונותיו הטכניים של מבנה הנתונים של נוטס:
1. אין צורך להגדיר מראש אורך וגודל של שדות
2. שדות ריקים לא יתפסו שום מקום בבסיס הנתונים (בניגוד לתא ריק בטבלה)
3. ניתן לשנות את סוג השדה גם לאחר הגדרתו (Loosely Typed)
4. גם החלקים התיכנותים של בסיס הנתונים כמו טפסים וקטעי קוד הם בסך הכל עוד מסמך (מוסתר) בדטה-בייס מה שמאפשר לעשות בהם שינויים מבחוץ ומבפנים באמצעות תוכנה (DXL)
